Знаменский монастырь был основан в 1631 году на месте усадьбы бояр Романовых в Зарядье. Свое название монастырь получил по стоявшей здесь домовой церкви Знамения, вместо которой в 1679-1684 годах был построен главный храм монастыря - Знаменский собор.
В 1812 году Знаменский монастырь очень сильно пострадал от пожара, но был восстановлен.
После Октябрьской революции Знаменский монастырь был упразднен, часть строений разобрана. Однако Знаменский собор сохранился. Сохранились также колокольня монастыря, построенная в конце XVIII века, корпуса братских и игуменских келий, и служебный корпус.
Знаменский собор долгое время принадлежал Всероссийскому обществу охраны памятников истории и культуры. В настоящее время он отреставрирован и передан верующим.
Знаменский монастырь на плане Москвы 1852 года:
Знаменский монастырь на плане Москвы 1888 года: