Объем земляных и бетонных работ при строительстве планировался большой, а современной строительной техники в стране было немного. Поэтому при сооружении судоходного канала «Москва - Волга» власти решили использовать большие массы заключенных, вооруженных лопатами, ломами и кирками. Тем более что положительный опыт в данной сфере уже имелся. Так, в 1934 году был пущен знаменитый Беломорско-Балтийский канал, полностью построенный руками зеков всего за три года.
Канал «Москва - Волга» являлся еще более грандиозным техническим сооружением. Поэтому для его строительства из всех тюрем и лагерей СССР стали свозить тысячи заключенных. Правда, в строители канала мог попасть далеко не каждый зек, даже если он вызывался поехать на стройку добровольно. Совсем не брали политических, то есть осужденных по знаменитой 58-й статье тогдашнего УК. А также матерых уголовников, чей срок заключения превышал десять лет. Таким образом, «на канал» отправляли в основном «бытовиков» и мелких уголовников. В те годы на месте нынешних зданий изолятора располагались огромные деревянные бараки, обнесенные колючей проволокой, в которых жили каналоармейцы. В «Красной Пресне» производилась их «сборка». То есть зеков сортировали, разбивали на бригады и отправляли на строительные объекты.
Отправка производилась в массовом порядке. На железнодорожной станции «Красная Пресня» формировались эшелоны, в которые за один раз грузилось от 300 до 1500 человек. По некоторым данным, через «Красную Пресню» тогда прошло около 60 000 заключенных.
В послевоенный период через пересыльную тюрьму на Красной Пресне, имевшую уже капитальные каменные корпуса, прошли: писатель Александр Солженицын, немецкий фельдмаршал Фридрих Паулюс, бывший начальник «Смерша» генерал Петр Абакумов, генерал-лейтенант авиации Василий Сталин, знаменитая певица Лидия Русланова, киноартист Георгий Жженов и тысячи других, не столь знаменитых осужденных. В 1960 году, во время хрущевских реформ, пересыльная тюрьма была передана под надзор МВД и стала именоваться СИЗО № 3 ГУВД Москвы. Но функции ее остались прежними.